北京大学
中国药科大学
沈阳药科大学
清华大学
上海交通大学
浙江大学
复旦大学
四川大学
华东理工大学
天津大学
北京化工大学
大连理工大学
南京工业大学
山东大学
中山大学
首都医科大学
海军军医大学（第二军医大学）
黑龙江中医药大学
广东药科大学
建议：
北京大学和 清华大学等顶尖高校虽然排名靠前，但考研难度较大，适合成绩优异、有较强学术背景的学生报考。
沈阳药科大学、 中国药科大学和 华东理工大学等学校在制药工程领域有较高声誉，专业实力较强，适合希望从事药物研发、生产和管理工作的学生。
天津大学、 北京化工大学和 大连理工大学等高校在制药工程方面也有很好的表现，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。
请根据自身情况，综合考虑学校的学术实力、研究方向、师资力量和考研难度等因素，选择最适合自己的院校。