民办大学存档案的方法如下：
亲自办理
将大学档案交到原毕业的学校，让老师审核档案内的材料，确保材料无误后，学校会重新密封盖章，以证实档案的真实性和保密性。
携带身份证、毕业证等材料去人才中心开具调档函。
学校根据调档函将档案邮寄到人才中心。
到达人才中心后，携带身份证复印件和个人照片，办理档案托管手续。
委托档案服务机构
可以选择委托档案服务机构代为办理档案存入人才中心的事宜，这样无需亲自出面，但需要支付一定的费用。
建议选择哪种方法取决于个人情况和偏好，如果时间充裕且希望亲自办理，可以选择第一种方法；如果时间紧张或希望省事，可以选择第二种方法。