不是所有独立学院都是三本院校。独立学院是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策。
虽然独立学院大部分为民办，且过去多数在三本批次招生，但也有少数独立学院属于二本院校，甚至是一本大学。例如，同济大学浙江学院就是独立学院，但它属于二本院校。此外，部分独立学院经过教育改革，已经取消了二本和三本的区别，统称为本科院校。
因此，在填写志愿或了解独立学院时，应注意具体院校的招生批次和性质，因为并非所有独立学院都是三本院校。