从大学排名的角度对比， 南京大学要比南通大学更好一些。南京大学作为国内顶尖的211高校，拥有较高的学术声誉和影响力，而南通大学虽然也是一所不错的综合性大学，但在整体实力上可能稍逊于南京大学。
如果你更看重学校的整体实力和学术声誉，南京大学会是一个更好的选择。南京大学在多个学科领域都有较高的研究水平和学术成果，能够为学生提供更好的学习和发展机会。此外，南京大学位于江苏省南京市，拥有丰富的文化资源和就业机会。
然而，选择学校并不仅仅取决于学校的整体排名，你还需要考虑自己的个人兴趣、专业需求、地理位置等多个因素。如果你对某个专业特别感兴趣，或者希望在某个特定城市学习和发展，南通大学也是一个值得考虑的选择。南通大学在某些学科领域也有较强的实力和特色，能够为学生提供专业的指导和培养。
综上所述，如果你更看重学校的整体实力和学术声誉，南京大学是更好的选择；如果你对某个专业有浓厚兴趣或希望在特定城市学习，南通大学也是一个不错的选择。