民办大学的本科学历是否被日本承认，需要具体情况具体分析：
部分民办大学的本科学历得到教育部认可
有一些民办大学的本科学历是教育部认可的，尤其是那些经过国家批准的民办大学。
如果民办大学通过了中国教育部的认证，并且其学历在日本文部科学省有备案，那么这种学历通常会被日本承认。
部分民办大学的学历可能不被日本承认
某些民办大学的学历可能因为质量、声誉或其他原因而不被日本承认，尤其是那些通过非正规途径获得学历的学校。
如果民办大学的学历没有经过中国教育部的认证，或者在日本文部科学省没有备案，那么这种学历通常不会被日本承认。
通过高自考获得的证书
如果民办大学的学生通过高自考并获得了相关证书，这个证书是教育部认可的，但如果没有通过高自考，仅获得学校自己颁发的证书，这个证书可能没有任何意义，也不会被日本接受。
日本对私立大学的认可度
日本的私立大学中，一些顶级学府如早稻田大学、庆应义塾大学等，其学历回国后认可度和含金量都非常高。
然而，并不是所有私立大学都享有高认可度，一些较差的私立大学可能不被日本承认。
建议
选择民办大学时，务必确认其是否经过中国教育部的认证，并且在日本文部科学省有备案。
如果打算去日本留学，建议选择那些知名度高、质量好的私立大学，以增加学历被承认的可能性。
如果已经获得了民办大学的学历，可以通过中国教育部的认证机构进行认证，以增加其在日本的认可度。