云南大学排名较低的原因主要可以归纳为以下几点：
学科评估结果
2017年第四轮学科评估中，云南大学只有一个A+学科（民族学），其他最好的学科是生态学，为A-。
在其他学科中，云南大学有B+学科2个（生物学、政治学），B档学科7个，B-档学科5个，C+档学科6个，C档学科3个，C-档学科5个。
虽然纵向比较来看成绩不错，但横向比较与其他省属211高校相比，优势不明显。
双一流评选
云南大学在2017年第一轮双一流评选中被列为双一流建设大学B类高校，这可能意味着其在某些方面与其他顶尖高校相比仍存在差距。
地理位置
云南大学位于边陲地区，可能在吸引优秀师资和学生方面存在一定的劣势。
综合排名
在某些排名中，云南大学甚至未能进入全国前四十名，这与其作为省属211和全国重点大学的身份不符。
建议
加强学科建设：云南大学可以继续加强优势学科的建设，同时注重学科交叉和创新，提升整体学术水平。
提升地理位置优势：可以通过加强与周边地区的合作和交流，提升学校在地理位置上的吸引力。
增加投入：学校可以增加对科研和教学的投入，吸引更多优秀人才，提升学校的整体实力。
综上所述，云南大学排名较低的原因是多方面的，但通过持续的努力和改进，云南大学有望提升其在全国乃至世界范围内的排名和影响力。