民办大学的所得税问题主要涉及以下几个方面：
企业所得税
税率：根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，民办大学作为企业，一般适用25%的企业所得税税率。
优惠政策：对于捐资举办的民办学校或出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享有与公办学校同等的税收及其他优惠政策。
税务筹划风险：部分非营利性高校在没有进行税务备案的情况下进行税务筹划，可能会引发税务稽查风险。
个人所得税
综合征收：新政策实施综合征收的方法征收个人所得税，使得高校教师的个税税负较高，影响其科研投入和纳税自觉性。
增值税
教育服务免征：高校通过教育服务活动获取的费用可以享受免征增值税的优惠政策。
其他收入需缴税：高校通过其他渠道获得的社会投资、赞助费用等需要按照规定缴纳增值税。
税务管理
缺乏专业人员：部分民办高校缺乏专业从事税务的人员，难以灵活运用税收优惠政策进行合理税收筹划。
管理不规范：部分民办高校税收管理行为不够规范，票据管控不严谨，缺乏相关审核机制。
建议
加强税务培训：民办高校应加强对税务人员的培训，提高其专业素质，确保能够正确理解和运用相关税收政策。
规范税务管理：建立完善的税务管理制度，严格票据管控，确保所有收入均纳入税务管理范畴。
合理利用优惠政策：民办学校应合理利用税收优惠政策，降低税务成本，同时确保符合相关政策要求，避免税务风险。
加强税务筹划：在合法合规的前提下，进行合理的税务筹划，以降低税负并提高财务管理的规范性。
通过以上措施，民办大学可以有效降低所得税负担，提高财务管理水平，确保合法合规经营。