国内三本毕业的学生想要申请日本的大学院，可以参考以下建议：
语言能力
必须具备日语能力考试N2级以上的证书，如果是文科类专业和日语专业的学生，要求日语N1级以上。
虽然研究生可以不要语言成绩，但没有日语成绩的学生在国内直接申请成功的概率几乎为0。
学术成绩
日本各大学院对平均分数要求不高，但要保证没有挂科，且最好平均分能在75分以上，尤其是申请名校的情况下。
专业选择
如果国内专业不错，建议继续攻读该专业。
如果想换专业，需要有一个清醒的认识，专业跨度不宜太大，且最好有相关的专业背景，否则录取难度会增大。
英语成绩
在日本的一流学府，如东大、京大等，对英语有一定要求，建议具备英语托福80分以上的成绩。
申请策略
三本院校的学生虽然背景相对较弱，但并非没有申请成功的机会。可以通过申请语言学校，先进入日本学习日语，再申请大学院。
选择申请的学校时，可以考虑一些对三本院校学生相对友好的私立大学，或者是一些对国际学生较为开放的国公立院校。
额外准备
可以考虑报读私塾，通过系统的学习和辅导来提升自己的学术能力和日语水平。
在申请过程中，充分展示自己的优势，如相关实习经历、项目经验等，以增加录取的竞争力。
通过以上准备，国内三本毕业的学生也有机会成功申请到日本的大学院，实现自己的留学梦想。