民办大学的毕业论文是会被抽查的。根据教育部的规定，所有有本科招生计划的高校，包括民办学校、中外合办学校、军队系统学校等，都需要对上一年的本科生毕业论文进行随机抽查。抽查的目的是确保毕业论文的质量和真实性，防止学术不端行为，如抄袭和造假。
虽然不同学校对论文查重的要求可能有所不同，但总体上，毕业论文的查重是论文写作和发表的基本要求之一。教育部对民办本科的论文查重并不严格，但如果论文中存在大量错别字或抄袭行为，可能会被视为不合格，并可能吊销毕业证和学位证。
因此，建议学生在撰写毕业论文时，应遵守学术规范，确保论文的原创性和质量，避免因查重问题而影响毕业。