三本大学毕业生获得的证书主要包括 学士学位证书和本科毕业证书。虽然三本的毕业证书上可能会注明是三本院校，但根据教育部的规定，一本、二本、三本都是属于本科学历层次，学满合格毕业的学生都是获得本科毕业证书，并且符合学位授予条件的授予学士学位证书。
具体来说，三本的毕业生持有的三证包括：
毕业证：
三本院校的毕业证书上会印有该院校的名称，且证书上不会标明是一本、二本还是三本，而是统一标明为本科。
学位证：
三本的毕业生同样会获得学士学位证书，该证书由具有学位授予权的单位颁发，与一本和二本院校的学士学位证书具有相同的效力。
此外，虽然三本院校的毕业证书在形式上可能与其他一本或二本院校有所不同，例如可能会有两个印章或二级学院的印章，但这并不影响其作为本科学历的合法性和有效性。三本的毕业生在就业、升学等方面享有与其他本科学历相同的待遇和机会。
综上所述，三本大学毕业生持有的证书为学士学位证书和本科毕业证书，这两份证书均被国家和社会所承认，且具有相同的效力。建议三本院校的毕业生在求职和升学过程中，重点突出自己的学术能力和专业知识，以获得更好的发展机会。