国内三本学生申请东京大学确实存在一定的难度，但并非不可能。以下是一些建议，希望能提高申请的成功率：
语言能力
日语：通常要求达到N1级140分以上，文科生要求更高。
英语：托福成绩需达到90分以上，托业成绩则需900分以上。
学术成绩
平均GPA需达到3.4以上，热门专业如医学、法学等则需达到3.5以上。
研究计划书
研究计划书需要出色，展示你的研究兴趣和能力。
获奖或科研经历
如果有国际性的大赛获奖经历或科研经历，会大大增加申请的成功率。
推荐信
由熟悉自己且在该领域有一定地位的人来写，推荐信对于申请的成功与否有着重要的影响。
其他材料
提供本科毕业证和学士学位证书，以及可能需要的日语或英语水平测试成绩。
申请流程
确认自己符合申请资格，了解研究方向和导师信息，选择感兴趣的研究方向并联系相关导师。
准备申请材料，包括个人陈述、推荐信、学术成绩单、学位证书、语言能力证明等，并按照要求进行翻译和公证。
在线申请，填写申请表格并上传所需的申请材料，确保在申请截止日期前完成申请，并支付申请费用。
如果被要求参加面试，准备好相关的面试材料和面试准备。
建议
提前准备：语言能力和学术成绩是申请东京大学的关键，建议提前准备，争取在申请前达到要求的水平。
突出优势：如果有特别的获奖经历或科研经历，一定要在申请材料中突出展示。
寻求帮助：在准备过程中，可以寻求教授或专业人士的推荐信，增加申请的成功率。
关注细节：确保所有申请材料准确无误，并按照东京大学的要求进行准备和提交。
虽然三本学生申请东京大学难度较大，但通过充分的准备和突出个人优势，仍有机会实现梦想。