菏泽市目前有三本大学，具体名单如下：
菏泽学院
菏泽学院是一所全日制普通本科高校，位于山东省菏泽市，入选数据中国百校工程项目建设院校。截至2018年5月，学校建有4个校区，占地面积1436亩，建筑面积57.74万平方米。菏泽学院的前身是创建于1949年的冀鲁豫区第二师范学校，历史上曾更名为平原省立菏泽师范学校、山东省菏泽第一师范学校、菏泽师范专科学校。
菏泽医学专科学校
菏泽医学专科学校是一所专科层次的院校，位于山东省菏泽市。菏泽医学专科学校是菏泽市唯一的一所医学类专科学校。
菏泽家政职业学院
菏泽家政职业学院是一所专科层次的院校，位于山东省菏泽市。菏泽家政职业学院提供家政服务、护理、幼儿教育等专业。
菏泽职业学院
菏泽职业学院是一所专科层次的院校，位于山东省菏泽市。菏泽职业学院提供多个职业技能培训专业。
综上所述，菏泽市有三本大学，分别是菏泽学院、菏泽医学专科学校、菏泽家政职业学院和菏泽职业学院。