合并后的本科大学排名如下：
浙江大学
合并后，浙江大学由浙江大学、杭州大学、浙江医科大学和浙江农业大学组成，整体实力迅速提升，稳居全国高校前三甲。
武汉大学
武汉大学在2000年合并了武汉测绘科技大学、湖北医科大学和武汉水利电力学院，整体实力得到质的飞跃，稳居全国前十强。
四川大学
四川大学通过合并成都科技大学和华西医科大学，实现了从单一到多元的华丽蜕变，整体排名不断飙升，目前位居全国第15名左右。
复旦大学
复旦大学合并了上海医科大学，医学类专业在全国排行榜中位居前五，整体实力强劲。
华中科技大学
华中科技大学由华中理工大学、同济医科大学、武汉城市建设学院等学校合并而成，整体实力与武汉大学相当，在很多排行榜中甚至已经超过了武汉大学。
这些排名综合了不同时间点和不同来源的数据，建议参考最新的权威排名以获得最准确的结论。