是的，民办大学作为教育机构，在运营过程中需要依法纳税。根据中国税法的相关规定，民办大学可能需要缴纳的税种包括：
企业所得税：
民办大学作为营利性组织，其收入需要缴纳企业所得税。
增值税：
提供教育服务所获得的收入可能需要缴纳增值税。
教育费附加和地方教育附加：
基于增值税的一定比例征收。
房产税和土地使用税：
民办大学还需按规定缴纳地方税种。
印花税：
根据特定政策，可能涉及高校学生公寓房产税和印花税。
需要注意的是，民办大学的税收优惠政策可能因学校性质（营利或非营利）和收费性质而有所不同。例如，捐资举办的民办学校或出资人不要求取得合理回报的民办学校，可能享有与公办学校同等的税收及其他优惠政策。