是的，大学二本与三本已经合并。二本三本合并是指将原来的本科二批和本科三批合并为一个批次录取，合并后本科只剩下本科一批和本科二批。这一改革旨在减少录取批次，消除因批次划分可能带来的政策歧视，促进普通高等学校平等竞争。
合并后，对于三本院校的学生来说，虽然学校的名称和毕业证没有变化，但在招生和录取过程中，三本院校将被视为二本院校，这有助于提高三本院校的社会地位和学生的就业机会。同时，合并批次也有利于促进普通高等学校公平发展，减少社会对三本民办大学、独立学院的偏见。
需要注意的是，虽然二本三本在录取批次上已经合并，但在实际招生过程中，仍可能存在一些细微的差别，例如学费、办学质量等。因此，学生在选择学校时，仍需仔细了解各学校的具体情况，做出明智的选择。