三本大学的命名原则主要遵循以下几点：
名实相符、准确规范 ：高校名称应与其办学层次、类型、学科特色等相符合，避免使用模糊或误导性的名称。体现办学理念、突出内涵特色：
名称应反映学校的办学理念和特色，避免过于笼统或夸大其词。
避免贪大求全：
名称应简洁明了，避免使用过于庞大或复杂的名称。
一校一名制：
每所学校应有一个独特的名称，避免重名现象。
地域限定
名称中原则上不得使用“中华”、“中国”、“国家”、“国际”等代表中国及世界的惯用字样，也不得使用“华北”、“华东”、“东北”、“西南”等大区及大区变体字样。
不得使用学校所在城市以外的地域名，除非是省级人民政府举办的学校可以使用省域命名，并且必须明确学校所在地。
学科和行业限定
名称中可以根据学校所在地域、行业、学科等特点，冠以适当的限定词，但应避免多个学科或行业类别并存的现象，原则上不超过2个。
农林、师范院校在合并、调整时，原则上继续保留农林、师范名称，确保教育特色不受削弱。
授权使用
未经授权，不得使用其他组织或个人拥有的商标、字号、名称等，也不得使用国外高校的中文译名和简称。
避免个人姓名命名：
原则上不得以个人姓名命名，但若捐赠者对学校发展有特殊贡献，经国务院教育行政部门批准，可以使用其姓名或名称。
避免使用曾用名：
校名不能使用曾经出现过的校名，未经授权的更名是不被允许的。
这些原则旨在规范高等学校的命名工作，确保名称的准确性和规范性，同时体现学校的特色和理念。