三本大学并不都是民办的，三本大学包括 独立院校和民办院校，此外，部分本科院校也会招收本科三批。
民办大学是由企事业单位、社会团体或个人出资建立的，可以独立招生，也可以作为独立学院存在，依附于公办大学。三本是指我国高等教育本科层次录取批次中的一个类别，主要指的是那些在本科第三批次录取的高校，这些院校可以是民办的，也可以是公办的独立学院。
随着时间的推移，一些三本院校逐渐提升办学质量，经过国家评核后可以升级为二本院校。此外，现在许多省市已经取消了三本批次，将原来的三本院校合并到二本批次中，因此，现在所说的“三本”已经不再是独立的录取批次，而是指那些原本在三本批次录取的院校。
综上所述，三本大学包括民办院校和独立院校，而独立院校也可以被视为民办院校的一种。