转设民办大学可能面临以下劣势：
学费问题
民办大学的学费通常较高，普遍高于公办大学。例如，民办高校的学费基本在1万-1.8万之间，一些特殊专业甚至高达10来万。这对经济条件有限的家庭来说是一笔不小的负担。
招生困难
转设民办后，学费不会降低，这可能导致招生变得困难。同时，转设公办又面临诸多操作难题，使得学校在招生策略上处于两难境地。
学习压力
民办大学的管理通常较为严格，这虽然有助于形成良好的学习氛围和较高的升学率，但同时也给学生带来巨大的学习压力。部分学生可能因资质不高而陷入不良情绪，形成心理问题。
社会认可度
尽管民办大学在学术研究和教学质量上不断提升，但在一些用人单位和社会观念中，民办大学的学历认可度仍然不如公办大学。这可能影响毕业生的就业前景和职业发展。
独立学院实力不足
很多独立学院在转设过程中自身实力不足，不得不脱离母校转设成普通民办大学，这可能导致教育质量和社会声誉的下降。
监管问题
民办高校的费用较高，但监管不严，可能存在一些不透明的费用收取和使用情况，这可能会引起学生和家长的不满和质疑。
综上所述，转设民办大学在学费、招生、学习压力、社会认可度等方面都存在明显的劣势。因此，学生在选择民办大学时，需要充分考虑自身经济状况和承受能力，以及未来的职业发展规划。