三本大学的毕业生持有的证书主要包括 本科毕业证书和 学士学位证书。这两类证书都是国家承认的，并且毕业生在就业、升学等方面享有与其他类型本科高校相同的待遇。
具体来说，三本大学通常包括独立学院、民办本科高校和中外合作办学本科高校等。这些院校在学生完成四年制学业后，会获得由独立学院或合作高校颁发的毕业证书和学士学位证书。虽然这些证书上会注明是“三本”，但这并不影响其作为普通本科学历证书的认可度。
此外，一些三本大学还会提供额外的证书，例如计算机二级证书、英语四六级证书和教师资格证等，这些证书可以增加毕业生的就业竞争力。
综上所述，三本大学的毕业生持有的证书主要是本科毕业证书和学士学位证书，这些证书在学历和就业方面具有相同的法律效力和社会认可度。