商丘市内的三本大学有以下两所：
商丘学院：
商丘学院的前身为河南农业大学华豫学院，成立于2005年，2011年修转为商丘学院。学院有两个校区，一个在开封，一个在商丘，商丘校区为本部，位置在商丘市北海路66号。
商丘工学院：
学校始建于1994年，2011年4月经国家教育部批准，在原商丘科技职业学院基础上建立商丘工学院，实施全日制普通本科教育。位置在商丘市睢阳大道中段236号。
建议：
商丘学院和 商丘工学院均为三本大学，具体选择可以根据个人兴趣和职业规划来决定。
如果考虑地理位置，商丘学院在商丘市，商丘工学院也在商丘市，方便就读。
如果考虑学校性质和硬件设施，商丘学院被认为是硬件设施较好的学校。