清华大学：作为中国顶尖的理工科高校，清华大学的毕业难度相当高。据统计，每年有约10%的学生因为挂科等原因无法如期毕业，这体现了清华对学业要求的严格性。
中国科学技术大学：中科大以“严进严出”著称，其本科生的毕业率仅为85%，在国内高校中属于偏低水平。学校对学生的学业要求极高，实行末位淘汰制，挂科会影响学生的评优评选和来年重修。
南京大学：南京大学同样以严格的管理和高标准著称，每年都有200-300名本科生无法顺利毕业。南大的考试监管严格，挂科率较高，导致毕业率在90%左右。
复旦大学：尽管复旦大学以文科见长，但其理科专业的课程难度也很大。许多学生如果跟不上教学进度，考试成绩可能一落千丈。据报道，复旦的期末考试难度不小，没有认真学习的同学很可能不及格，且没有“清考”机会，因此毕业率在85%-90%之间。
中国科学院大学：国科大采用综合评价方式选拔学生，要求高考分数高，并考察学生的综合素质和高中学业水平。由于招生人数较少，每年只有约百来号人被录取，使其成为国内最难考的大学之一，也是最难毕业的高校之一。据悉，国科大的本科生毕业率约为85%。
华南理工大学：华南理工大学在理工类大学中处于领先地位，其工科专业备受认可。学校的教学风格严谨，有“华难毕业大学”之称，因为其毕业要求相对较高。
同济大学：同济大学的综合实力强，教学和研究水平均处于国内领先地位，但其毕业率约为92%，在清华、中科大之后，位列全国第三。
其他提及的大学：
佩珀代因大学：位于美国加州，其四年毕业率为77%。
杜兰大学：位于美国路易斯安那州新奥尔良市，其四年毕业率为72%。
综上所述， 清华大学、中国科学技术大学、南京大学、复旦大学和中国科学院大学被普遍认为是国内最难毕业的大学。这些学校不仅学术要求高，而且管理严格，导致学生面临较大的毕业压力。建议学生在报考这些学校时，务必充分了解其学业和毕业要求，做好充分的准备。