我国民办高校的会计制度主要依据《民间非营利组织会计制度》进行会计核算，这一制度适用于所有民办非企业单位，包括民办学校。此外，虽然《民办教育促进法》及其《实施条例》没有明确规定民办高校应采用何种会计制度，但实际操作中，有些民办高校可能会参考《高校会计制度》或《事业单位会计制度》。
具体会计制度的内容包括：
会计准则：
包括会计工作通则、会计核算原则、会计科目、会计凭证、会计报表、会计监督、会计交接、会计档案等规定。
财务管理：
涉及财务计划和财务决算、预算管理、基本建设财务管理、财产物资管理、工资基金管理、资金结算管理、学校基金管理、收费标准管理、费用开支标准管理、收据和发票管理、经营承包财务管理、会计档案管理等制度。
资产管理：
包括物资资产的保管、配置、使用等方面的规定。
财务机构和人员：
民办学校应设置独立的财务部门，统一管理学校财务工作。不具备单独设置财务部门条件的学校，应当配备专职会计人员并指定会计主管人员。未设置会计机构和配备专职会计人员的学校，应根据《代理记账管理办法》，委托具有代理记账资格的机构代理记账。
年度预算制度：
民办学校应当建立年度预算制度，明确预算编制的要求、方法和审批程序。学校应当将所有收入纳入学校预算，统一核算，统一管理，不得编制赤字预算。获得财政性补助的学校，应当按要求实行全过程预算绩效管理。
建议民办学校在制定和执行会计制度时，应严格按照国家的统一规定，确保会计处理的规范性和透明度，以便于政府监管和学校的健康发展。同时，学校应加强对会计人员的培训和管理，提高其专业能力，确保财务活动的合规性和准确性。