民办大学的上级主管部门主要是 教育行政部门。具体来说，民办高校通常归当地教育局管理，而教育局的职责包括指导、协调各级教育，督导、评估验收、指导职业教育、学校管理等。此外，根据《中华人民共和国民办教育促进法》的规定，县级以上各级人民政府教育行政部门主管本行政区域内的民办教育工作。
因此，民办大学在运营和管理的过程中，需要遵循教育行政部门的指导、监督和政策引导。同时，民办大学的党委书记虽然级别较高，但一般不参与学校的具体工作，而是负责学校的党建工作。
建议：在选择民办大学时，了解其上级主管部门及其相关政策，有助于更好地了解学校的运营和管理情况，从而做出更为明智的选择。