重庆工商大学确实有三本院校，具体为：
重庆工商大学融智学院，就读校区为重庆工商大学（C区）沙坪坝校区。
重庆工商大学派斯学院，就读校区为重庆工商大学合川校区。
重庆工商大学应用技术学院，就读校区为重庆工商大学（B区）江北校区。
需要注意的是，独立学院虽然使用重庆工商大学的名义，但实际上是独立运营，有独立的组织机构代码。在毕业证方面，二本和三本的毕业证上学校名称不同，二本为“本科毕业证书”，三本为“独立学院证书”。
建议学生在选择三本院校时，可以综合考虑学校的办学地点、专业设置以及就业前景等因素。