民办大学与学生的民事诉讼关系主要存在以下两种观点：
具有上下服从性的公权力关系
法院普遍做法认为，民办大学作为法律法规授权的组织，与学生之间存在上下服从性的公权力关系。因此，当学生权利受到侵害时，应通过行政诉讼进行救济。
基于契约自由的民事法律关系
另一种观点则认为，民办大学与学生之间是基于契约自由建立的民事法律关系。因此，当学生权利受到侵害时，应通过民事诉讼而非行政诉讼进行司法救济。
这两种观点分别代表了不同的法律解释和司法实践，具体适用哪种关系取决于具体案件的情况和法院的判断。建议在实际操作中，学生可以根据自身权益受损的具体情况，选择合适的法律途径进行维权。