山东日照市最好的本科大学是 曲阜师范大学日照校区。曲阜师范大学是山东省重点建设的六所高校之一，基础文理优势突出，省内很多中小学教师毕业于此。2002年日照校区建立，受到地理位置影响，日照校区反而更受欢迎一些。曲师大作为一所“双非”院校，其保研率较高，2022届和2023届的保研率分别为4.23%和4.08%。
此外，山东外国语职业技术大学也是日照市的一所重要本科大学，由山东华信工贸有限公司举办，属于民办院校。学校前身是创建于2005年的山东外国语职业学院，2018年升格为本科层次职业学校，是全国首批职业本科学校之一。
综上所述，曲阜师范大学日照校区和山东外国语职业技术大学是日照市最好的两所本科大学。