选择三本大学的城市时，可以考虑以下几个因素：
城市的发展水平和就业机会
北京：作为首都，北京拥有丰富的教育资源，包括清华大学、北京大学等顶尖高校。然而，由于竞争激烈，三本学生可能面临较大的压力。
上海：上海是国内国际化程度最高的城市，拥有复旦大学、上海交通大学等名校，就业前景广阔，但同样竞争激烈。
南京：南京是江苏省的省会，教育资源丰富，有南京大学、东南大学等985高校，以及多所211大学。南京的生活和学习环境较为优越，适合求学。
武汉：武汉地处华中地区，是交通枢纽，拥有华中科技大学、武汉大学等985高校，以及多所211大学。武汉的经济繁荣，产业多样，为毕业生提供了广阔的就业前景。
杭州：杭州是浙江省的省会，拥有浙江大学等名校，经济发达，生活便利，适合求学和发展。
生活成本
一线城市如北京、上海的生活成本较高，可能不适合三本学生。
新一线城市如南京、武汉、杭州的生活成本相对较低，更适合经济条件一般的学生。
个人兴趣和职业规划
选择城市时，可以考虑自己的兴趣和职业规划。例如，如果对某个行业有浓厚兴趣，可以选择该行业集中的城市，如杭州的互联网行业、武汉的光电子信息产业等。
综合以上因素，以下是一些建议：
南京：教育资源丰富，生活成本适中，适合求学和发展。
武汉：地理位置优越，经济繁荣，就业机会多，适合求学和就业。
杭州：经济发达，生活便利，适合求学和发展。
厦门：沿海城市，就业机会较多，但生活成本相对较高。
最终选择哪个城市，还需根据个人情况和偏好进行综合考虑。