三本大学中的民办和独立院校之间的区别主要体现在以下几个方面：
办学主体和资金来源
民办大学：由社会力量或个人投资举办，具有独立的法人资格，实行董事会领导下的校长负责制。经费主要来源于学费和社会投资。
独立学院：由普通本科高校与社会力量合作举办，一般以本科高校为主体。经费主要来源于合作方的投资和学费。
学位证书
民办大学和独立学院：学生毕业后，都会获得国家承认的学历证书和学位证书，但学位证书上的学校名称可能会有所不同。
教学质量
独立学院：由于一般由知名本科高校举办，在教学质量上可能会更有保障。教学资源通常与母体学校共享，如图书馆、实验室等，并受到母体学校的监督和指导。
民办院校：教学质量参差不齐，部分民办院校的教学质量较高，但也可能存在教学质量不高的情况。教学资源完全依赖于学校自身的投入和建设，管理模式具有较大的自主性和灵活性。
就业情况
民办大学和独立学院：由于社会对两者的认知度不同，毕业生的就业情况可能会有所差异。独立学院由于有母体高校的支持，可能在就业方面有一定优势。
社会认可度
独立学院：一般设在某个大学名下，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流，企业认可度相对较高。
民办院校：虽然也是国家承认的高等教育机构，但由于社会认知度较低，可能在就业时遇到一些困难。
学费情况
独立学院：学费水平一般在10000~18000元/年之间，具体因专业和地区而异。部分独立院校可能还提供奖学金、助学金等资助政策。
民办院校：学费水平通常在10000~20000元/年之间，也可能更高，具体取决于学校的办学成本、专业设置和教学质量等因素。部分民办院校也提供资助政策，但可能不如独立院校普遍。
总的来说，三本大学中的民办和独立院校在办学主体、经费来源、学位证书、教学质量、就业情况、社会认可度和学费情况等方面存在一定的区别。独立学院通常依托于某公办高校，教学质量相对较高，就业前景可能更好；而民办院校则完全由社会力量举办，学费较高，教学质量参差不齐。学生在选择时可以根据自身情况和职业规划进行综合考虑。