截至2024年，北京和上海分别有以下大学位列全国前100名：
北京
北京大学（全国排名第1）
清华大学（全国排名第2）
中国科学院大学（全国排名第3）
复旦大学（全国排名第5）
上海交通大学（全国排名第4）
浙江大学（全国排名第7）
中国科学技术大学（全国排名第8）
北京航空航天大学（全国排名第12）
北京理工大学（全国排名第14）
中国人民大学（全国排名第18）
北京师范大学（全国排名第19）
中国农业大学（全国排名第27）
北京科技大学（全国排名第35）
北京交通大学（全国排名第41）
中国石油大学（北京）（全国排名第48）
北京邮电大学（全国排名第63）
北京工业大学（全国排名第66）
北京化工大学（全国排名第68）
中国地质大学（北京）（全国排名第74）
华北电力大学（全国排名第75）
中国矿业大学（北京）（全国排名第77）
北京林业大学（全国排名第84）
首都师范大学（全国排名第91）
上海
复旦大学（全国排名第5）
上海交通大学（全国排名第4）
同济大学（全国排名第24）
华东师范大学（全国排名第26）
建议：
北京在顶尖高校的数量和质量上均遥遥领先，拥有多所985和211工程大学以及双一流建设高校。
上海在高等教育方面实力也非常强大，尽管顶尖高校数量较少，但复旦和上交等高校在全国排名中表现突出。
这些排名信息来源于不同年份和不同评价机构的数据，建议结合最新官方数据和排名来全面了解各大学的综合排名情况。