在东京的理科专业大学排名中，以下几所大学表现突出：
东京大学：
东京大学在理科专业中排名第一，特别是在工学部方面，其在全球和日本的排名都非常高，工学部培养了众多优秀的技术人员，在日本社会享有非常高的认可度。
东京工业大学：
东京工业大学在理工科类专业中排名前三，是世界一流的理工国立大学，为日本培养了大量优秀的工程师和研究人员。该校专门为外国留学生开设了SGU英文项目，留学生可以通过个人情况选择项目中对应的入学方式，通过审查后直接成为修士或博士。
庆应义塾大学：
庆应义塾大学是日本第一所私立大学，也是日本公认最好的私立大学之一。其理工学研究科是唯一设有研究生制度的专业，可以通过海外申请或特殊项目直接入学修士。
电气通信大学：
电气通信大学是一所以培养网络通信、电子情报相关人才为主的工科院校，是一所优秀的国立单科大学。虽然在国内的知名度并不高，但其学科单一性导致国际排名不理想。
东京理科大学：
东京理科大学是东京的顶尖私立大学，在私立理工科首屈一指，并且学费在私立理工科中也是最低的。学校的前身是东京物理学校，在明治时期实施自然科学教育的只有东京大学和东京物理学校，实力可见一斑。
根据以上排名，可以看出东京大学在理科专业中的领先地位，而东京工业大学、庆应义塾大学和东京理科大学也是东京地区理科专业的佼佼者。建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的大学进行申请。