日本最著名的三所大学通常被认为是：
东京大学：
东京大学是日本最顶尖的大学之一，也是全球知名的研究型大学。它在多个学科领域都有卓越的研究机构和研究中心，包括自然科学、工程学、人文社会科学和医学等。东京大学在QS2018世界大学排名中位列第28位。
京都大学：
京都大学是日本第二古老的大学，拥有极高的国际声誉。该校在QS2018世界大学排名中位列第36位，在QS亚洲大学排名中位列第15位。京都大学在科学研究方面取得了显著成就，并培养出了多位诺贝尔奖得主。
东京工业大学：
东京工业大学是一所专注于理工科的日本顶尖大学，其在科学、工程和技术领域具有卓越的实力。该校在QS2018世界大学排名中位列第56位。
这三所大学在日本乃至全球都享有很高的声誉，是追求高质量教育的理想选择。建议学生在选择大学时，可以根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑这些大学的学科优势、学术研究和国际声誉等方面。