南京的三本大学中，有几所学校的王牌专业在各自的领域表现突出，以下是一些建议参考的专业：
南京航空航天大学
王牌专业：飞行器设计、电气工程与自动化、工程图学、信息工程、机械工程及其自动化、交通运输、生物医学工程、工商管理等。
南京理工大学
王牌专业：武器系统与工程、化学工程与工艺、自动化、机械工程、电子信息工程、材料科学与工程等。
南京农业大学
王牌专业：金融学、社会学、生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、农学、园艺、植物保护、种子科学与工程、农业资源与环境等。
南京邮电大学
王牌专业：通信工程、电子信息工程、电子科学与技术、微电子科学与工程、信息安全、自动化、高分子材料与工程、网络工程、工商管理、社会工作等。
这些专业在各自的学科领域内具有很高的声誉和就业竞争力，建议根据个人的兴趣和职业规划来选择适合的专业。