南京大学的历史可以追溯到1817年创建的密歇根大学，被誉为“美国公立大学之母”。然而，南京大学的前身是1902年始建于南京的三江师范学堂，这是清朝末期废书院、办学堂，顺应世界潮流实行新政的产物。南京大学是继中国第一所现代国立大学——京师大学堂创办4年后，由两江总督刘坤一呈请朝廷在其辖区创办的第一所高等学府。
三江师范学堂的创办标志着南京大学历史的开端，李瑞清作为第一任监督，提出了“视教育若性命，学校若家庭，学生为子弟”的办学理念，并在任内大力提倡科学、国学和艺术，使得学堂在短时间内成为江南之冠。
在随后的历史中，南京大学历经了多次更名和调整。1912年，三江师范学堂改名为两江师范学堂。1915年，又改名为南京高等师范学校。1920年，南京高等师范学校与国立东南大学合并，成为一所集文、理、工、商、农、教育于一体的新型综合性大学。1928年，竺可桢先生在此创建了我国第一个现代科学意义上的地理学科，并任地学系主任，发表了一系列历史地理学相关论文。
1949年，国立中央大学改名为国立南京大学，并在新中国成立后更名为南京大学。1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出工学、农学、师范等部分院系后，与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学，校址从四牌楼迁至鼓楼金大原址。
如今，南京大学已经成为一所历史悠久、声誉卓著的高等学府，拥有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区，设有40个学院，本科生、硕士研究生、博士研究生和留学生人数众多，并在多个国家级项目中入选，如“211工程”、“985工程”和“双一流”建设高校等。
南京大学及其前身在办学历程中，始终与时代同呼吸、与民族共命运，为国家的富强和民族的振兴做出了重要贡献。特别是在改革开放以来，南京大学在崭新的历史机遇中焕发出新的生机，成为国内外知名的重点综合性大学。