民办大学的罚款制度 不合法。根据我国相关法律法规的规定，学校及其他教育机构并不具有行政主体资格，因此无权对学生进行罚款。罚款是一种行政处罚措施，只有国家行政机关和经授权的管理公共事务的组织才拥有这一权力。
具体来说，学校对违纪的学生可以采取学籍警告、开除学籍等处分措施，但不能罚款。此外，学校也不得违反国家规定收取费用，不得以向学生推销或者变相推销商品、服务等方式谋取利益。
因此，民办大学设立罚款制度是违法的，侵犯了学生的财产权。如果遇到学校或教师罚款的情况，可以向学校领导或当地教育局进行投诉和反映，以维护自己的合法权益。