民办大学保卫科科长的职责主要包括以下几个方面：
学校安全保卫工作
在学校党政及上级部门的领导下，负责学校的安全保卫工作，确保学校各项工作的正常进行。
制定和实施学校平安保卫工作计划和总结，完成上级和教委、公安机关布置的平安保卫工作。
规章制度制定与执行
根据上级部门相关文件精神，制定学校安全保卫规章制度，健全各种组织机构。
负责督促有关部门做好危险品、贵重物品、财产的保管工作，定期检查消防器材，认真开展消防工作。
法制宣传教育
积极进行法制、交通安全等方面的宣传教育，发动全体教职工做好治保工作，防止事故发生。
负责师生的法制教育，增强法制观念，积极同犯罪行为作斗争，及时调解纠纷。
校园治安管理
负责校内重大突发事件应急预案的制定和组织演练。
安排夜间、节假日和寒暑假的值班，并认真检查值班情况，发现问题及时解决。
管理和指导学校保卫科的日常运作，确保校园安全与秩序。
与相关部门协调
加强与当地当局、警察局和紧急救援机构的合作关系，确保及时协调和沟通。
维护校内各部门之间的合作关系，共同做好校园社会治安综合治理工作。
案件处理与调查
调查和侦破损坏财产和师生安全的案件，拟定处理意见，解除事发隐患。
对一般刑事案件和有关安全方面的投诉，进行妥善处理。
培训与人员管理
负责保卫人员的政治思想教育和专业知识学习，提高政治水平和业务工作能力。
对保卫人员进行考核和奖惩，确保队伍的纪律性和工作效率。
其他工作
参与制定和更新学校安全政策，确保其与最新的法规和标准相符。
协助学校组织安全演习和培训活动，提高教职员工和学生的安全意识和应急能力。
综上所述，民办大学保卫科科长不仅是学校安全保卫工作的主要负责人，还需要制定和执行相关规章制度，进行法制宣传教育，管理校园治安，协调相关部门，处理案件，培训人员，并参与学校安全政策的制定和实施。