南京的三本大学中，以下几个学校相对较好：
南京大学金陵学院：
南京大学金陵学院在多个排名中均位列前茅，是中国顶尖独立学院之一。
东南大学成贤学院：
东南大学成贤学院同样在多个排名中表现优异，是中国一流独立学院。
南京理工大学紫金学院：
南京理工大学紫金学院在理工科类专业方面表现突出，是江苏省内知名的三本学院。
南京航空航天大学金城学院：
南京航空航天大学金城学院在航空类专业方面具有优势，整体实力较强。
三江学院：
三江学院是南京民办本科中较好的学校之一。
建议您根据个人兴趣、专业方向和就业需求来选择学校。例如，如果您对理工科类专业感兴趣，可以考虑南京理工大学紫金学院或南京航空航天大学金城学院；如果您对经济管理类专业感兴趣，可以考虑南京大学金陵学院或南京财经大学红山学院。