福建工程学院的优势专业包括：
计算机科学与技术：
该专业是福建工程学院的特色专业之一，拥有强大的师资力量和优秀的教学设施，培养了一大批优秀的计算机人才。
自动化：
该专业是一门涉及机械、电子、计算机、控制等多个学科领域的学科，毕业后可从事自动化控制、机器人制造、智能家居等多个方向的工作。
电子信息工程：
该专业是一门涉及电子、通信、计算机等多个学科领域的学科，毕业后可从事电子产品设计、通信网络维护、电子信息系统控制等工作。
土木工程：
该专业是一门涉及建筑、结构、水力、环境等多个学科领域的学科，毕业后可从事建筑设计、水利工程、环境工程等多个方向的工作。
电气工程及其自动化：
该专业是福建工程学院的王牌专业之一，具有国家级特色专业称号。毕业生可在政府部门、工业企业、金融银行、工程管理部门和咨询业等从事工业工程师、机械工程师、软件工程师、工艺工程师、技术支持工程师、系统分析员、生产工程师、管理顾问、质量管理和项目管理等工作岗位。
机械设计制造及其自动化：
该专业被认为是福建工程学院最好的专业之一，涵盖了机械设计、制造、自动化等多个领域，具有广泛的就业前景。
工程管理：
该专业在工程管理领域具有优势，适合对工程项目管理感兴趣的学生。
材料科学与工程：
该专业在材料科学和工程领域具有较高声誉，适合对材料研究、设计和应用感兴趣的学生。
土木工程：
该专业在土木工程领域具有很高的声誉，适合对建筑、结构和水利工程感兴趣的学生。
电气工程及其自动化：
该专业在电气工程领域具有很高的声誉，适合对电气系统、自动化和控制感兴趣的学生。
这些专业在师资力量、教学设施、就业前景等方面都具有较高水平，建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的专业。