截至2024年，清华大学共设有 20个学院、57个系，涵盖理学、工学、文学、艺术学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、教育学和医学等11个学科门类。具体系所包括：
1. 建筑学院，包含建筑系、景观学系、建筑技术科学系、城市规划系等。
2. 土木水利学院，包含水利水电工程系、土木工程系、建设管理系等。
3. 机械工程学院，包含机械工程系、精密仪器系、能源与动力工程系等。
4. 航天航空学院，包含工程力学系、航空宇航工程系等。
5. 电机工程与应用电子技术系。
6. 信息科学技术学院，包含电子工程系、计算机科学与技术系、自动化系、微电子与纳电子学系（微电子学研究所）等。
7. 交叉信息研究院，包含计算机科学与技术（人工智能班）、计算机科学与技术（量子信息班）等。
8. 经济管理学院，包含会计系、经济系、金融系、创新创业与战略系、领导力与组织管理系、管理科学与工程系、市场营销系等。
9. 社会科学学院，包含社会学系、政治学系、国际关系学系、心理学系、经济学研究所等。
10. 人文学院，包含中国语言文学系、外国语言文学系、历史系、科学史系、哲学系等。
11. 法学院。
12. 新闻与传播学院。
13. 美术学院，包含史论分部（艺术史论系）、设计分部（工业设计系、环境艺术设计系、陶瓷艺术设计系、视觉传达设计系、染织服装艺术设计系、信息艺术设计系）、美术分部（工艺美术系、绘画系、雕塑系）。
14. 医学院/北京协和医学院-清华大学医学部，包含生物医学工程系、临床医学等。
15. 药学院。
16. 清华大学深圳国际研究生院，包含工商管理、会计、医疗管理等专业。
17. 公共管理学院。
18. 工业工程系。
19. 材料学院。
20. 理学院，包含数学科学系、物理系、化学系、地球系统科学系、天文系等。
21. 生命科学学院。
22. 继续教育学院。
23. 苏世民书院。
24. 教育研究院。
25. 全球创新学院。
26. 新雅书院。
27. 核能与新能源技术研究院。
28. 体育部。
29. 语言教学中心。
30. 艺术教育中心。
31. 燃烧能源中心数学科学中心。
32. 出土文献研究与保护中心。
33. 电机工程与应用电子技术系。
34. 工程物理系。
35. 化学工程系。
36. 航空发动机研究院。
37. 交叉信息研究院。
38. 高等研究院。
39. 智能产业研究院。
40. 未来实验室脑与智能实验室。
41. 集成电路学院。
此外，2024年清华大学还新增了心理与认知科学系、统计与数据科学系和人工智能学院。