民办大学的公章尺寸存在不同规格，具体如下：
一般规格
直径约为4厘米，中心部位刊有学校名称、校徽和“公章”字样，周围刊有“中华人民共和国”或“People's Republic of China”字样，下方有公章编码和制章单位名称。
其他规格
直径为4.2厘米，中心部位刊五角星或校徽，所刊名称自左而右环行，所属职能机构印章直径为4.0厘米，自左而右环行学校名称，职能机构名称垂直于学校名称自左而右横向排列，中心部位一律空白。
中等（含中等）以下学校印章直径为4.0厘米，中心部刊五角星或校徽，所刊名称自左而右环行，其所职能机构印章直径为4厘米，自左而右环行学校名称，职能机构名称垂直于学校名称自左而右横向排列，中心部位一律空白。
各级各类学校钢印直径一律为3.6厘米。
特殊情况
大学公章的尺寸要求因学校而异，一般直径为2.5厘米×2.5厘米，以方便携带和保证印文清晰。
综上所述，民办大学的公章尺寸并没有统一的标准，具体尺寸可能因学校而异。建议在具体办理公章时，咨询所在学校或相关部门以获取准确的尺寸要求。