自考本科与三本大学在多个方面存在明显差异：
学历性质
自考本科：属于非全日制成人教育，是第二学历。
三本大学：属于全日制普通本科，是第一学历。
社会认可度
自考本科：虽然国家承认其学历，但在社会上的认可度相对较低，特别是在就业市场上，部分用人单位可能不认可自考本科学历。
三本大学：由于是全日制本科，其学历在社会上的认可度较高，更受用人单位的青睐。
学费
自考本科：学费较低，通常只需支付考试费用，无需支付学费。
三本大学：学费较高，通常每年需要支付3万元左右。
学习方式
自考本科：学习方式灵活，考生可以自主安排学习时间和进度，无需到校上课。
三本大学：为全日制学习，学生需到校上课，完成规定的课程和学分。
证书
自考本科：毕业证书上会标注“自考”字样，由省考颁发，主考学校副署。
三本大学：毕业证书由教育部颁发，无特殊标记。
考研、考公务员等资格
自考本科：符合条件的毕业生可以考研、考公务员等，享有与全日制本科毕业生同等的待遇和机会。
三本大学：毕业生同样可以参加这些考试，且通常被认为是更有优势的。
建议
如果追求高社会认可度和全日制学习经历，三本大学是更好的选择。
如果注重学习过程的灵活性、低费用或已有其他本科学历，自考本科也是一个值得考虑的选项。
最终选择应根据个人的职业规划、学习能力和经济情况来决定。