国家管理三本大学的方式主要包括以下几个方面：
审批和监管：
三本高校，即本科三批高校，是由国家教育部严格审批和监管的正规教育机构。它们的招生和学籍管理都遵循国家统一规定，学生的学籍实行电子注册，确保教育的透明与权威。
学历和文凭认可：
这些高校的学历和文凭得到国家的官方认可。无论是公办还是民办，三本大学的毕业生在就业、升学等方面享有与其他本科院校毕业生同等的待遇。
管理模式和运营机制：
一些三本大学作为省属普通本科院校，由教育部批准，遵循教育成本收费原则，实施新的管理模式和运营机制。这些高校拥有固定的校舍和专业的导师团队，实行全日制授课制度，为毕业生提供全面的教育服务。
独立学院证书发放：
根据教育部的规定，从2008年开始，独立学院录取的本科新生，毕业时要统一授予独立学院的毕业证书和学士学位证书，不再颁发母体高校的学位证书。
综上所述，国家通过严格的审批和监管，确保三本大学的教育质量和管理规范。同时，通过统一的学历和文凭认可，以及实施新的管理模式和运营机制，保障三本大学的教育质量和毕业生的权益。