三本大学中的民办和独立学院 存在明显区别，主要体现在以下几个方面：
办学主体
独立学院：举办方是普通高校与社会合作办学，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流。独立学院依然实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，具有独立法人资格，能独立承担民事责任。
民办大学：有自己的校名、组织机构、师资、校园，完全由民间的企事业单位、团体组织或个人筹集并建设，属于完全由社会力量举办的高等教育机构。
办学层次
独立学院：实施本科以上学历教育，一定是本科。
民办大学：办学层次包括本科和专科。
学历证书
独立学院：毕业证书上加盖的是某某大学某某学院印章，而学校本部学生的毕业证书只盖有学校校名印章。
民办大学：毕业证书加印的就是学校校名的印章。
学费
独立学院：学费相对较高，但比民办高校低很多。
民办大学：学费通常较高，具体取决于学校的办学成本、专业设置和教学质量等因素。
教学管理
独立学院：教学资源通常与母体学校共享部分教学资源，如图书馆、实验室等，教学质量受到母体学校的监督和指导。
民办大学：教学资源完全依赖于学校自身的投入和建设，教学质量因学校而异，管理模式具有较大的自主性和灵活性。
社会认可度
独立学院：虽然有一定的社会认可度，但毕业证书上加盖的是合作大学的印章，与正常本科毕业证有差距。
民办大学：社会认可度因学校而异，部分民办院校的教学质量较高，但也可能存在教学质量参差不齐的情况。
总结来说，独立学院和民办大学在办学主体、办学层次、学历证书、学费、教学管理和社会认可度等方面都存在明显的区别。独立学院通常依托于某个大学，共享部分资源，而民办大学则完全独立，拥有自己的校园和师资队伍。在选择三本大学时，学生可以根据自己的需求和目标，综合考虑这些因素。