南京的一本和二本大学包括以下这些：
一本大学
南京大学
东南大学
南京航空航天大学
南京理工大学
河海大学
南京农业大学
中国药科大学
南京师范大学
南京邮电大学
南京林业大学
南京信息工程大学
南京工业大学
南京医科大学
南京中医药大学
南京体育学院
二本大学
南京财经大学
南京审计大学
南京工程学院
南京晓庄学院
金陵科技学院
江苏第二师范学院
南京特殊教育师范学院
南京艺术学院
南京体育学院
江苏警官学院
南京警察学院
南京工业职业技术大学
南京传媒学院
三江学院
其他说明
部分高校如河海大学、南京师范大学、南京信息工程大学、南京邮电大学、南京工业大学、南京林业大学、南京医科大学、南京中医药大学既可以算一本，也可以算二本，因为这些高校在全国招生中既有第一批次招生也有第二批次招生。
南京审计大学、南京工程学院、南京晓庄学院等是公办二本大学。
南京信息工程大学是国家级示范性软件学院，虽然为民办，但在信息技术领域享有很高的声誉。
建议：
如果你追求的是985、211或双一流高校，那么南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京农业大学、中国药科大学、南京师范大学、南京中医药大学、南京医科大学、南京邮电大学、南京信息工程大学、南京林业大学等都是不错的选择。
如果你更看重专业特色或就业前景，可以考虑南京财经大学、南京审计大学、南京工程学院、南京晓庄学院、金陵科技学院、江苏第二师范学院、南京特殊教育师范学院等二本大学。