集美大学最好专业包括 航海技术、水产养殖学、软件工程、小学教育、数学与应用数学、机械设计制造及其自动化、通信工程、计算机科学与技术、轮机工程、船舶与海洋工程等。这些专业在国家级和省级的一流本科专业建设点中均表现突出，并且在全国的排名中也较为靠前。
航海技术：
在全国专业排名中被评为A+档次，五星级专业，位列全国第3名。
水产养殖学：
同样被评为A档次，五星级专业，位列全国第6名。
船舶与海洋工程：
被评为A档次，五星级专业，位列全国第6名。
计算机科学与技术：
在四川省理科最低录取分数线排名中表现突出，被认为是热门和难考上的专业之一。
轮机工程：
被评为A档次，四星级专业，位列全国第5名。
此外，集美大学的 数学与应用数学、 机械设计制造及其自动化、 通信工程、 小学教育、 财政学等专业也在各自的领域内有着较高的声誉和影响力。
选择专业时，建议学生综合考虑自己的兴趣、职业规划以及专业的就业前景。例如，如果对海洋工程、航海技术感兴趣，那么航海技术和船舶与海洋工程等专业将是理想的选择。如果希望在计算机领域发展，那么计算机科学与技术专业会是一个很好的起点。