在杭州，学费相对较低的三本大学包括：
南方科技大学：
学费约为每年1.5万元至2万元。
海南大学三亚学院：
学费约为每年1.5万元至2万元。
浙江大学城市学院：
学费约为每年1.5万元至2万元。
浙江大学宁波理工学院：
学费一般约为1.6万元/年。
浙江工业大学之江学院：
学费一般约为1.6万元/年。
宁波大学科技学院：
学费一般约为1.6万元/年。
浙江工商大学杭州商学院：
学费一般约为1.6万元/年。
浙江省三门大学：
学费一般约为1万多元。
建议在选择三本大学时，可以综合考虑学校的地理位置、专业设置、教学质量以及学费等多方面因素，以确保选择到最适合自己的学校。