三本大学的论文是会被抽查的。根据教育部的规定，从2021年1月1日起，本科毕业论文每年都会进行一次抽检，抽检对象为上一年授予学士学位的论文，抽检比例原则上应不低于2%。因此，无论是三本还是其他层次的本科院校，其毕业生论文都面临被抽查的风险。
抽检的内容主要包括原创度、查重率等方面。如果论文在抽检中被认定为不合格，学生需要在规定期限内进行修改。若修改后仍不合格，且错误较严重，本科学位证书有可能被追回。
此外，对于三本院校的论文，虽然存在一定的抽查概率，但被评为优秀毕业论文的文章是一定会经过审查的。同时，不同学校对论文查重率的要求可能有所不同，一些学校可能要求查重率在15%以下。
综上所述，三本大学的论文确实会进行抽检，建议学生在撰写论文时务必保证原创性和学术质量，以降低被抽中的风险。