南京信息工程大学拥有多个优势专业，以下是部分王牌专业和特色专业的列表：
大气科学：
国家级特色专业、一流本科专业、教育部“专业综合改革试点”专业、江苏省品牌专业。
应用气象学：
王牌专业之一，培养能在气象、农业、生态等领域工作的专门人才。
环境科学：
通过了中国工程教育专业认证，入选教育部“卓越工程师培育计划”。
电子信息工程：
国家级特色专业，注重电子系统设计、开发和应用能力。
计算机科学与技术：
国家级一流本科专业建设点，拥有完整的本硕博教育体系。
软件工程：
王牌专业之一，注重软件开发和维护能力。
信息管理与信息系统：
新兴专业，注重信息系统规划、设计、开发和应用能力。
会计学：
作为管理科学与工程的一个重要分支，培养具备会计和管理能力的专业人才。
环境工程：
通过认证，入选教育部“卓越工程师培育计划”，就业前景广阔。
信息安全：
依托IT名企，加强校企合作，培养适应行业发展的信息安全人才。
这些专业在各自的领域内具有较高声誉，并且得到了国家及省级的认证和支持，为学生提供了良好的学习环境和就业前景。