厦门三本的最好大学包括：
厦门大学嘉庚学院：
虽然它不是传统意义上的三本院校，但它在独立学院中享有较高的声誉，并在某些排名中位列榜首。嘉庚学院在福建省三本独立学院中排名第一，以理工类专业为主，化学和会计等专业在全国名列前茅。
集美大学诚毅学院：
在福建省三本独立学院中排名靠前，学费较高，但提供良好的教育资源和学习环境。诚毅学院在独立学院中表现优秀，尤其是理工类专业。
福建师范大学协和学院：
在福建省三本独立学院中排名第三，以师范教育为主，同时涵盖经济管理、艺术设计等学科。
仰恩大学：
在福建省三本大学中排名第四。
华侨大学厦门工学院：
位于厦门集美区，理工类专业可以优先考虑。
建议：
厦门大学嘉庚学院和 集美大学诚毅学院是厦门三本大学中最好的两所，嘉庚学院在独立学院中声誉较高，而诚毅学院在教育资源方面表现优秀。
福建师范大学协和学院和 仰恩大学也是不错的选择，尤其是协和学院在师范教育方面有较强优势。
华侨大学厦门工学院适合理科学生，理工类专业较强。