三本大学和自考本科在多个方面存在明显差异：
学历层次与性质
三本大学：通常指的是普通高等教育中的三本独立学院或民办大学，属于本科层次，采用全日制教育形式，学生在校内接受系统的学习。
自考本科：属于非统招本科教育体系，其学历层次与全日制本科相同，但入学方式、学习模式及时间安排等方面有所不同。自考本科通过自学后参加国家组织的考试，通过后获得相应学历。
学历证书
三本大学：学历证书由教育部颁发，属于第一学历。
自考本科：毕业证书上会标注自考字样，由省考颁发，主考学校副署，属于第二学历。
社会认可度与就业
三本大学：由于是全日制教育，其学历在社会上的认可度通常较高，尤其在某些特定岗位和行业要求中可能明确要求全日制学历。
自考本科：虽然社会认可度逐渐提高，但在就业市场上，部分单位可能不承认自考本科学历，或者在招聘时更倾向于全日制毕业生。
学费
三本大学：学费通常较高，每年需要花费3万元左右。
自考本科：学费较低，大自考形式下几乎没有额外费用，只需支付考试费用。
学习难度与自主性
三本大学：学习压力相对较小，课程较为宽松，学生可能有更多的时间参与校园活动。
自考本科：学习难度较大，需要考生具备较高的自学能力和毅力，自主学习时间较多。
建议
选择三本大学还是自考本科，主要取决于个人的学习目标、时间管理能力、经济条件以及对学历的认可度。如果追求全日制教育体验和更高的社会认可度，三本大学可能是更好的选择。如果希望以较低的成本获得本科学历，并且具备较强的自学能力，自考本科也是一个值得考虑的途径。