关于武汉民办大学是否断档的问题，可以从以下几个方面进行分析：
湖北二、三本合并招生
2016年，湖北实行二、三本合并招生，原本只能读三本院校的学生有机会选择二本学校。这一政策变化可能导致一些办学质量不高的独立学院面临生源危机，甚至可能出现断档现象。
独立学院与二本院校同批次招生
由于批次合并，一些独立学院与二本院校在同一批次招生，这可能导致部分独立学院因办学质量不高而面临市场选择的严峻挑战，甚至可能出现断档。
民办高校的机遇与挑战
批次合并对民办高校来说既是机遇也是挑战。一方面，独立学院有机会与二本院校同批次招生，提高自身的市场竞争力；另一方面，这也意味着民办高校需要面对更激烈的市场竞争和更高的办学标准。
综上所述， 武汉的民办大学在湖北二、三本合并招生的背景下，确实存在断档的风险。建议相关民办高校在招生和办学过程中，要充分考虑政策变化带来的影响，加强自身办学质量，以应对可能的市场挑战。